보창학교는 강화 대대장으로 있던 이동휘(李東揮)가 1904년 8월 강화도에 설립한 육영학교(育英學校)의 개명한 이름이다. 1905년 5월고종 황제가 보창학교라는 교명(보창은 넓게(普) 퍼지고 번창하라(昌)는 뜻이다. 여기엔 교육을 통해서 새로운 인재를 길러내고자 했던 고종황제의 열망이 담겨있다.)을 내려 개명하였고, 내탕금 600을 하사 받았다. 보창학교는 이동휘가 교장이 되어 학교를 운영하였고 김성은을 교감으로 삼았으며 군영의 일부였던 강화읍 진무영 동영(東營)자리에 건립하였다. 군인과 일반인의 자제들에게 근대적인 교육을 실시하는 학교였다. 교육과정으로는 소학보통과와 일어·영어과의 과정이 개설되고, 입학자격은 소학보통과는 신체 건강하고 정신에 결함이 없는 자로 8세 이상 16세 이하인 청소년으로 하고, 일어·영어과는 16세 이상 20세 이하인 자로 한문·국문·작문·습자에 능한 자로 하였다. 

이동휘는 일본에 의해 강탈당한 국권을 회복할 수 있는 유일한 방법은 학생들에게 민족의식을 심어 주는 교육이라고 강조하였다. 그리고 그 실천방법으로 군사훈련을 하였다. 이동휘의 보창학교 군사훈련에 크게 영향을 받은 많은 애국지사들은 군사훈련의 필요성에 눈뜨기 시작하였고, 이에 자극받은 유지자들은 군악기와 소총 다수를 구입하여 각 학교에 기증하기도 하였다. 1905년 3월에는 민영환(閔泳煥) 등 13명의 군인과 중추원 부의장 이근호(李根皓), 평리원장 민경식(閔京植) 등 당시의 고관과 명사들이 찬성금을 육영학교에 기부하였다.

그러나 보창학교는 1907년 여름 일본군에 의해 파괴되었고 진위대 영사 자리였던 열무당으로 이동했다가 1908년 2월에 다시 재건되었다. 이후 보창학교를 주축으로 한 강화지역 의무교육안이 마련되었고, 보창학교는 사범속성과와 중학과 졸업생을 배출하는 등 1910년까지 강화지역 교육을 선도하였다. 하지만 1910년 병탄 이후에 재정난을 겪다가 1911년 구 이아(貳衙) 건물로 이전하였으나 결국 1915년에 문을 닫게 된다. 모두 현재 건물이 남아있지 않은 상태로 멸실되었다가 2022년 9월 7일 보창학교 터였던 강화교육지원청 미래교육지원센터에 그 설립 의의를 기리기 위한 표지석을 설치하였다.